针对皎口林区次生中幼林的发展状况和具体特征，皎口水库自2010年开展了以退化马尾松林为对象、以近自然林业理论为指导的中幼林抚育工作。2011年7月起皎口水库与天童林场，华东师大和区外来有害生物防控指挥部合作，全面推广应用次生中幼林近自然化抚育改造工作。
皎口水库基于地形、地势、林相、树种、林龄等条件，本着分类实施、便于作业和管理的原则，合理区划小班，并确定相应的抚育措施。皎口中幼林抚育主要采取劈抚、间伐、修枝等方法，遵循林木生长规律，促进群落功能的修复，加快恢复演替进程。
皎口林区作为涵养水源、净化水质和保持水土的重要场地，近自然化改造后，其生态功能得到了显著增强。森林抚育，提高了优质水源涵养林种比例，保持合理的年龄结构和树种组成，抚育后的麻粟、苦槠、青冈等地带性常绿阔叶林优势树种恢复快、生长好，并快速地替代了原来的马尾松林，形成一个树高9到11米的新的森林景观，平均胸径达18厘米，每公顷立木蓄积量96.48立方米，同比增幅分别为7.1%和14.4%。同时通过增加林下透光度，还促进了枯落物分解和土壤微生物繁殖，提高土壤肥力，林下植被层有了较好的生长条件，从而扎实推进了皎口林地生物多样性的保护工作。随着树种结构的优化调整，皎口林分质量也得到了显著提高，森林病虫害可防可控，水土流失、土壤侵蚀、滑坡等现象明显减少。库区蓄水保土能力更得到了大幅提升，水涵林的固水能力有效增强，森林生态系统碳储量迅速增长，对皎口库区优质原水及低碳生态环境的营造意义重大。
